一、政府部門審核單位不一樣

　　1、高新企業(yè)申報由各省市、自治州、市轄區(qū)、省級城市科技部、財政局、稅務局協(xié)同審查。
　　2、軟件行業(yè)由軟件協(xié)會承擔審查。

　　二、發(fā)展方向不同

　　1、國家高新企業(yè)評定管理條例是為幫扶和激勵高新技術企業(yè),關鍵是制定整體規(guī)劃、正確引導公司的制造、科學研究、平時規(guī)章制度的規(guī)范性,并構思有關的發(fā)展戰(zhàn)略。
　　2、軟件企業(yè)認定管理條例是有關落實國務院辦公廳激勵服務外包產(chǎn)業(yè)和集成電路芯片產(chǎn)業(yè)發(fā)展規(guī)劃多個現(xiàn)行政策實施方案,進一步推動當?shù)胤胀獍a(chǎn)業(yè)和集成電路芯片產(chǎn)業(yè)發(fā)展,融合當?shù)鼐唧w情況,制訂有關現(xiàn)行政策。

　　三、所享有的所得稅優(yōu)惠不一樣

　　1、高新企業(yè)申報后,在國家稅務局辦理備案后,所得稅由原來的25%降低為15%，公司必須每一年在稅局辦理高新企業(yè)備案后才可以再享有此政策優(yōu)惠。
　　2、軟件企業(yè)認定,在稅局辦理備案后,自盈利本年度起,第一年和第二年免稅所得稅,第三年至第五年遞減征繳所得稅.享有完五年特惠后,不再享有一切所得稅政策優(yōu)惠(包含高新技術企業(yè)政策優(yōu)惠),所得稅依照25%征繳。

　　四、有效期和年檢要求不一樣

　　1、高新技術企業(yè)資質有期限為三年,三年后復審,再次評定。擬評定的高新技術企業(yè)每一年依照有關要求報統(tǒng)計和科委辦理備案,另外在地區(qū)稅務局申請辦理所得稅優(yōu)惠備案。
　　2、軟件行業(yè)推行每一年年審,依據(jù)軟件行業(yè)管理條例要求的指標值和材料,出示有關材料,每一年的六月份以前申請辦理軟件公司年檢。